科学家研究实现单细胞转录组的空间映照

日期：2022-04-07 来历：本站 供稿：医药生物技术处 作者：治理员 种别：译文

单细胞RNA测序要领可以剖析单细胞的转录组表达，但不克不及生存空间信息。相反，空间转录组学可以检测剖析结构切片中的空间区域，但不具有单细胞分辩率。美国德克萨斯年夜学研究团队提出一种盘算要领，展现结构中单细胞转录组的空间结果。该研究近日发表于《Nature Biotechnology》上，题为：Spatialcharting of single-cell transcriptomes in tissues。 研究职员开发了一个名为细胞跋涉（CellTrek）的盘算要领。这类要领联合了单细胞RNA测序及空间转录组学两个数据集，经由历程共嵌入及器量进修要领实现单细胞的空间映照。研究职员利用模仿及原位杂交数据对于细胞跋涉举行了基准测试，证实了其正确性及稳定性。然后他们将细胞跋涉运用在现有的小鼠年夜脑及肾脏数据集，发现细胞跋涉可以检测到差异细胞类型及细胞状况。研究职员进一步对于两个乳腺导管原位癌结构举行了单细胞RNA测序及空间转录组学试验永乐高官网进入-，并将这些数据运用在细胞跋涉，结果注解细胞跋涉可以辨认差异导管的肿瘤亚克隆细胞类型，以和临近肿瘤区域的特定T细胞状况。 综上所述，细胞跋涉可以正确地绘制差异结构类型中的单细胞，并以此解决其空间结构问题。细胞跋涉也能够将单细胞映照到它们于结构中的空间坐标。 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1 注：此研究结果摘自《NatureBiotechnology》杂志，文章内容不代表本网站不雅点及态度，仅供参考。-永乐高官网进入-